כמעט מאה כרכים של כתבי היד המקוריים שלו שרדו את השריפות שפרצו בעיירת ליובאוויטש, את המהפכות ואת המלחמות. כיום הם חלק מספריית חב"ד בניו יורק.
רבי מנחם מענדל מליובאוויטש, הנהיג את חסידות חב"ד במשך 38 שנים. את הכינוי המפורסם שלו – הצמח צדק – הוא קיבל בעקבות אחד מספריו העוסק בהלכות. ביחד עם זה הרבי יזם תוכנית לחילוץ ילדים שהגיעו לשרת בצבא הרוסי במסגרת חוק "קנטוניסטים", עסק בתמיכה גשמית של קהילות יהודיות, ונאבק לחיזוק החינוך היהודי המסורתי.
בין למעלה מחמישים כרכים של חיבוריו נמצא "ספר החקירה", העוסק בשאלות יסודיות בעניני אמונה. הספר מכיל 'עשרה מופתים על חידוש העולם', ומובאות בו הוכחות שכליות על חידוש העולם ובריאתו על ידי הקדוש ברוך הוא, ושלילת דעת הטועים בזה ומדמים שהעולם נברא מעצמו. הספר נכתב בצורה של מענה על שאלות מסוג מסויים, בסגנון השאלות שהיו נוהגים להציג באותה תקופה הנציגים של תנועת ההשכלה.
בשנת 5603 (1843), בחסות הממשלה, התכנסה בפטרבורג אספת הרבנים לדון ברפורמה של מערכת החינוך היהודי. השלטונות אמרו לרבי ה'צמח צדק' כי מאבקיו נתפסים בעיניהם כהתנגדות לשלטון, אך האדמו"ר ה'צמח צדק' עמד על דעתו בתוקף לכל אורך האסיפה. בארבעת החודשים של פעילות האסיפה הוא קיבל שוב ושוב איומים לביתו, ואף נשלח 22 (!) פעמים למעצר בית.
כתוצאה מתקיפות הצמח צדק, שר הפנים נסוג מכל הצעותיו ב"תיקונים" במערכת החינוך. לימוד תורת החסידות הותר כפי שהיה מקודם, וגזירת הלימודים הכלליים לילדי ישראל בוטלה.
